水性涂料中的水，以及纤维素、乳液等有机物是微生物的营养源，所以在其生产过程中很容易遭受微生物的感染，导致变质腐败，发霉变臭。为了防止水性涂料变质，所以会加入一定剂量的工业杀菌剂。
水性涂料使用工业杀菌剂有以下3点注意事项：
1、杀菌剂的正确使用。
大多数杀菌防腐剂的杀菌机理是通过杀菌剂与微生物接触，使微生物的蛋白质变性，细胞降低活性，促使细菌死亡。所以要确保杀菌防腐剂有效杀菌，不仅要保证杀菌剂的添加量高于杀菌剂杀菌能力小抑菌浓度(MIC)，还要确保杀菌剂在涂料中均匀分布，从而有效杀灭乳胶漆罐内各个部位的细菌。一般情况下，杀菌防腐剂在涂料配方中不应低于0.1%，在环境恶劣的条件下，如水质或原料污染严重、环境温度炎热等情况还应适当加大。
2、尽可能早地对乳胶漆进行防腐处理。
水性涂料杀菌剂灭除细菌、真菌、酵母菌效力高，加入量少;与涂料、乳树脂液及其它材料相容性好;易于用水稀释，又容易加入油漆、涂料和乳树脂液或其它类似物料中;当pH≤9时，它是稳定的，因用量少，所以在使用时必须注意搅拌均匀，防止因搅拌不均匀影响防腐杀菌效果。
3、国内外用于水性涂料的防腐剂品种较多。
早期主要的有有机汞、有机锡、苯酚及甲醛等，但由于对人畜毒性大，对环境污染严重，部分发达国家已禁止其使用。目前国内外已趋于使用高效、低毒、环保的涂料防腐剂，这些涂料防腐剂包括异噻唑啉酮衍生物(SAENPROCIDE 沙保得 CM15 涂料杀菌防腐剂)、1，2-苯并异噻唑啉-3-酮(BIT)及其他多种防腐剂的复配混合剂，操作时注意劳动保护，应避免与皮肤、眼睛等接触。